A Santa Casa estabelece parcerias/protocolos com diferentes Instituições cujo papel vai de encontro à sua missão nomeadamente:

• Instituto de Solidariedade e Segurança Social (ISSS);
• União das Misericórdias Portuguesas (UMP);
• Instituto de Emprego e Formação Profissional (IEFP);
• Administração Central de Saúde (ACS).